Misiunea IAPMEI este de a promova competitivitatea și creșterea afacerilor și de a sprijini elaborarea, punerea în aplicare și evaluarea politicilor care vizează activitatea industrială. De asemenea, urmărește să consolideze inovarea, spiritul antreprenorial și investițiile în întreprinderi care operează în aceste domenii sub supravegherea Ministerului Economiei, în special IMM-uri, cu excepția sectorului turismului și a competențelor de control relevante atribuite Direcției Generale pentru Activități Economice.