Αποστολή του IAPMEI είναι να προάγει την ανταγωνιστικότητα και την ανάπτυξη των επιχειρήσεων και να εξασφαλίζει την υποστήριξη του σχεδιασμού, της εκτέλεσης και της αξιολόγησης των πολιτικών που στοχεύουν στη βιομηχανική δραστηριότητα. Επιδιώκει επίσης την ενίσχυση της καινοτομίας, της επιχειρηματικότητας και των επιχειρηματικών επενδύσεων σε επιχειρήσεις που ασκούν τη δραστηριότητά τους στους τομείς αυτούς υπό την εποπτεία του Υπουργείου Οικονομίας, δηλαδή τις ΜμΕ, με εξαίρεση τον τομέα του τουρισμού και τις σχετικές αρμοδιότητες παρακολούθησης που αποδίδονται στη Γενική Διεύθυνση Οικονομικών Δραστηριοτήτων.