Posláním IAPMEI je podporovat konkurenceschopnost a růst podniků a podporovat tvorbu, provádění a hodnocení politik zaměřených na průmyslovou činnost. Usiluje rovněž o posílení inovací, podnikání a podnikatelských investic ve společnostech působících v těchto oblastech pod dohledem ministerstva hospodářství, zejména malých a středních podniků, s výjimkou odvětví cestovního ruchu a příslušných kontrolních kompetencí svěřených Generálnímu ředitelství pro hospodářské činnosti.