Het Centrum is een uitvoerend agentschap in de zin van de wet van 27 augustus 2009 betreffende de overheidsfinanciën, dat functioneert op basis van de wet van 30 april 2010 betreffende het Nationaal Centrum voor Onderzoek en Ontwikkeling en het statuut gehecht aan de regeling van de minister van Wetenschap en Hoger Onderwijs van 9 september 2010 betreffende het statuut van het Nationaal Centrum voor Onderzoek en Ontwikkeling. De werking van het Nationaal Centrum voor Onderzoek en Ontwikkeling regelt ook een aantal uitvoerende en rechtshandelingen in verband met de uitvoering van programma's die met Europese financiële instrumenten worden gefinancierd.