Centrum jest agencją wykonawczą w rozumieniu ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych, działającą na podstawie ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o Narodowym Centrum Badań i Rozwoju oraz statutu stanowiącego załącznik do rozporządzenia Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 9 września 2010 r. w sprawie nadania statutu Narodowemu Centrum Badań i Rozwoju. Funkcjonowanie Narodowego Centrum Badań i Rozwoju reguluje również szereg aktów wykonawczych i prawnych związanych z realizacją programów finansowanych z europejskich instrumentów finansowych.