Centrul este o agenție executivă în temeiul Legii din 27 august 2009 privind finanțele publice, care funcționează pe baza Legii din 30 aprilie 2010 privind Centrul Național pentru Cercetare și Dezvoltare și a statutului anexat la regulamentul ministrului științei și învățământului superior din 9 septembrie 2010 privind statutul Centrului Național pentru Cercetare și Dezvoltare. Funcționarea Centrului Național pentru Cercetare și Dezvoltare reglementează, de asemenea, o serie de acte executive și juridice legate de punerea în aplicare a programelor finanțate din instrumente financiare europene.