Centret er et forvaltningsorgan i henhold til loven af 27. august 2009 om offentlige finanser, der fungerer på grundlag af loven af 30. april 2010 om det nationale center for forskning og udvikling og vedtægten, der er knyttet til bekendtgørelsen fra ministeren for videnskab og videregående uddannelse af 9. september 2010 om vedtægten for det nationale center for forskning og udvikling. Det nationale center for forskning og udvikling regulerer også en række udøvende og juridiske handlinger i forbindelse med gennemførelsen af programmer finansieret af europæiske finansielle instrumenter.