Centrum je výkonnou agenturou podle zákona ze dne 27. srpna 2009 o veřejných financích, která působí na základě zákona ze dne 30. dubna 2010 o Národním centru pro výzkum a vývoj a statutu připojeného k nařízení ministra vědy a vysokého školství ze dne 9. září 2010 o statutu Národního centra pro výzkum a vývoj. Fungování Národního centra pro výzkum a vývoj upravuje také řada prováděcích a právních aktů souvisejících s realizací programů financovaných z evropských finančních nástrojů.