Center je izvajalska agencija na podlagi Zakona o javnih financah z dne 27. avgusta 2009, ki deluje na podlagi Zakona o Nacionalnem centru za raziskave in razvoj z dne 30. aprila 2010 in statuta, ki je priložen uredbi ministra za znanost in visoko šolstvo z dne 9. septembra 2010 o statutu Nacionalnega centra za raziskave in razvoj. Delovanje Nacionalnega centra za raziskave in razvoj urejajo tudi številni izvedbeni in pravni akti, povezani z izvajanjem programov, financiranih iz evropskih finančnih instrumentov.