Krajowa Agencja Innowacji (ANI) jest odpowiedzialna za wdrażanie wytycznych dotyczących strategii innowacji technologicznych i biznesowych w Portugalii w latach 2018-2030. ANI ma na celu zachęcanie do prywatnych inwestycji w badania i rozwój (B+R) oraz promowanie współpracy między organizacjami naukowymi i technologicznymi. Ponadto koncentruje się na zwiększeniu udziału krajowych firm naukowych i technologicznych oraz innych podmiotów w międzynarodowych sieciach i programach, a mianowicie instytucji szkolnictwa wyższego i centrów współpracy, w celu promowania ich możliwości, kompetencji i wyników polityki opartej na innowacjach.

Krajowa Agencja Innowacji (ANI) jest także odpowiedzialna za rozpowszechnianie udanych portugalskich przykładów innowacji na poziomie krajowym i międzynarodowym, we współpracy z innymi podmiotami, a mianowicie Instytutem Wspierania Małych i Średnich Przedsiębiorstw (IAPMEI), Portugalską Agencją ds. Globalnego Handlu i Inwestycji (AICEP) oraz Fundacją Nauki i Technologii (FCT). Ich wspólnym celem jest wzmocnienie wizerunku Portugalii jako kraju innowacyjnego i uzasadnienie rosnących inwestycji, które przyniosą korzyści gospodarce oraz poprawią dobrobyt i jakość życia mieszkańców. Realizacja misji ANI zostanie przedstawiona wraz z innymi celami polityki publicznej, a mianowicie priorytetami kolejnej fazy funduszy strukturalnych, krajowym programem inwestycyjnym na lata 2020-2030, krajowym programem reform i krajową polityką planowania przestrzennego, a także priorytetami i celami związanymi z uczestnictwem Portugalii w programach wspierających badania i rozwój w ramach europejskich.