Il Prague Innovation Institute (PII) è stato fondato nel gennaio 2020. L'organizzazione di pubblica utilità è stata costituita come sede legale dalla città di Praga. È controllata dal Consiglio di Amministrazione e dal Consiglio di Sorveglianza. L'obiettivo principale del PII è quello di pianificare, sostenere e promuovere l'istruzione, la protezione dell'ambiente, le infrastrutture della città, le imprese scientifiche, di ricerca e sviluppo, creative, culturali e innovative e le attività non commerciali al fine di migliorare la competitività di Praga. Il ruolo del PII è quello di collegare la sfera accademica, pubblica e privata. Il PII è finanziato dall'istituzione che lo ha fondato e attraverso i programmi di finanziamento dell'UE. Si prevede che anche i finanziamenti privati diventeranno rilevanti in futuro. Il sostegno principale è incentrato su progetti nei settori dell'istruzione, dell'energia, dell'intelligenza artificiale, delle industrie creative e delle innovazioni che contribuiranno a migliorare le infrastrutture e l'ambiente della città.