La missione dello IAPMEI è quella di promuovere la competitività e la crescita delle imprese e di garantire il supporto per la progettazione, l'esecuzione e la valutazione delle politiche rivolte all'attività industriale. Cerca anche di rafforzare l'innovazione, l'imprenditorialità e gli investimenti delle imprese che svolgono la loro attività in questi settori sotto la supervisione del Ministero dell'Economia, vale a dire le PMI, ad eccezione del settore del turismo e delle relative competenze di monitoraggio attribuite alla Direzione Generale delle Attività Economiche.