Startup Portugal tavoitteena on muun muassa tukea hallitusta kansallisen yrittäjyysstrategian suunnittelussa ja täytäntöönpanossa sekä seurata yrittäjyyttä tukevien julkisten politiikkojen suunnittelua ja täytäntöönpanoa, edistää yrittäjyyttä ja startup-yrityksiä Portugalissa ja ulkomailla sekä etsiä ja toteuttaa eurooppalaista rahoitusta yrittäjyydelle. Se tekee yhteistyötä eri talouden alojen kanssa käyttäen erilaisia julkisia ja yksityisiä tahoja ja kumppaneita, kuten yrittäjiä, startup-yrityksiä, yrityshautomoita, sijoittajia, yrityksiä, tiedemaailmaa ja julkishallinnon organisaatioita, kehittääkseen erilaisia aloitteita, jotka edistävät startup-ekosysteemin kasvua ja yrittäjyyskulttuurin lisääntymistä. Se on Europe Startup Nations Alliancen perustajajäsen. Sitä rahoitetaan yksityisillä ja julkisilla varoilla, muun muassa IAPMEI:n, PRR:n ja Euroopan unionin varoilla nelivuotiskaudella 2022-2025.